案例简介
• 本案例中，分子反应动力学国家重点实验室-分子模拟与设计研究组利用NVIDIA GPU助力精确计算生物分子受环境影响所产生的原子电荷信息。利用Tesla K80 GPU强大的计算能力极大地提升了迭代过程中量子化学计算的效率，对精确描述生物分子在特定环境影响下的原子电荷信息起到了至关重要的作用。
• 本案例主要应用到拥有NVIDIA Tesla K80 GPU 的超级计算机。
Case Introduction
• In this case, State Key Laboratory of Molecular Reaction Dynamics, Laboratory of Molecular Modeling and Design applies the NVIDIA GPU to calculate the accurate molecular charges effected by its environment. The Tesla K80 GPU dramatically improves the efficiency of QM calculation in interactions, and plays the key point in illustrating the effectiveness of atomic charge in molecular by its specific environment.
• The major product utilized in the case is NVIDIA Tesla K80 GPU supercomputer.
现状
分子反应动力学国家重点实验室(www.sklmr.dicp.ac.cn)依托于中国科学院大连化学物理研究所。其发展和利用国际先进的化学反应动力学实验技术和高精度动力学理论相结合的方法，深入细致地研究重要化学过程中的动力学机理，在原子、分子的层次和量子态分辨水平上揭示基本化学动力学规律，在分子反应动力学基础科学研究中做出重要创新成果，为重大科学技术进步提供基础知识支撑，保持反应动力学研究的国际领先地位，占据国际化学反应动力学研究的至高点。分子反应动力学国家重点实验室一直是国内化学反应动力学的主要研究基地和承担国家重大基础研究项目的牵头单位，已经成为国际上备受瞩目的重要的分子反应动力学研究中心。
分子模拟与设计研究组(Laboratory of Molecular Modeling and Design)主要面向生物能源、生物医药、生命科学、生物技术及催化材料等相关领域，发展新的理论计算方法，结合已有的分子模拟与设计程序，与实验工作者密切合作， 针对实验所关心的科学和技术问题开展研究。
未来，本课题组还将基于NVIDIA Tesla GPU提供的卓越计算性能，应用于超大尺度生物分子的原子电荷随环境的变化而改变的描述过程中。并通过基于量子化学的计算全面提升实时的原子电荷计算的准确度和效率。完善原子电荷精确计算的加速方法，为进一步分析生物大分子与其所处环境的相互影响提供可靠的理论支持。